Author: Michael R. Crusoe <michael.crusoe@gmail.com>
Description: Use the Debian package for sparsehash
--- vg.orig/Makefile
+++ vg/Makefile
@@ -215,7 +215,6 @@
 HTSLIB_DIR:=deps/htslib
 VCFLIB_DIR:=deps/vcflib
 GSSW_DIR:=deps/gssw
-SPARSEHASH_DIR:=deps/sparsehash
 SPARSEPP_DIR:=deps/sparsepp
 SHA1_DIR:=deps/sha1
 DYNAMIC_DIR:=deps/DYNAMIC
@@ -273,7 +272,6 @@
 DEPS += $(INC_DIR)/gbwtgraph/gbwtgraph.h
 DEPS += $(INC_DIR)/lru_cache.h
 DEPS += $(INC_DIR)/dynamic/dynamic.hpp
-DEPS += $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map
 DEPS += $(INC_DIR)/sparsepp/spp.h
 DEPS += $(INC_DIR)/gfakluge.hpp
 DEPS += $(INC_DIR)/sha1.hpp
@@ -456,10 +454,7 @@
 	# Otherwise we get dynamic.hpp without its deps
 	mkdir -p $(INC_DIR)/dynamic && cp -r $(CWD)/$(DYNAMIC_DIR)/include/* $(INC_DIR)/dynamic
 
-$(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map: $(wildcard $(SPARSEHASH_DIR)/**/*.cc) $(wildcard $(SPARSEHASH_DIR)/**/*.h) 
-	+. ./source_me.sh && cd $(SPARSEHASH_DIR) && ./autogen.sh && LDFLAGS="-L/opt/local/lib" ./configure --prefix=$(CWD) $(FILTER) && $(MAKE) $(FILTER) && $(MAKE) install
-
-$(INC_DIR)/sparsepp/spp.h: $(wildcard $(SPARSEHASH_DIR)/sparsepp/*.h)
+$(INC_DIR)/sparsepp/spp.h:
 	+cp -r $(SPARSEPP_DIR)/sparsepp $(INC_DIR)/
 
 #$(INC_DIR)/Variant.h
@@ -659,7 +654,6 @@
 	$(RM) -r $(INC_DIR)
 	$(RM) -r share/
 	cd $(DEP_DIR) && cd sonLib && $(MAKE) clean
-	cd $(DEP_DIR) && cd sparsehash && $(MAKE) clean
 	cd $(DEP_DIR) && cd htslib && $(MAKE) clean
 	cd $(DEP_DIR) && cd fastahack && $(MAKE) clean
 	cd $(DEP_DIR) && cd gcsa2 && $(MAKE) clean
